Отдел  Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Республике Хакасия образован в соответствии с приказом Росгвардии от 30 сентября 2016 года № 188 на базе Федерального государственного казенного учреждения «Отдел вневедомственной охраны министерства внутренних дел по Республике Хакасия». Эта дата стала датой образования новой государственной структуры в регионе. В качестве юридического лица Отдел был зарегистрирован в налоговом органе 18 октября 2016 года.

В соответствии с приказом №321 от 17.07.2018 г. директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации – главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации генерала армии В.В. Золотова, Отдел Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Республике Хакасия (Отдел Росгвардии по Республике Хакасия) переименован в Управление Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Республике Хакасия (Управление Росгвардии по Республике Хакасия).

Согласно решению, в состав Управления Федеральной службы войск национальной гвардии по Республике Хакасия из состава МВД по Республике Хакасия были включены: АОСН (авиационный отряд специального назначения), ОМОН (отряд мобильный особого назначения), СОБР (специальный отряд быстрого реагирования), ЦЛРР (центр лицензионно-разрешительной работы) и ФГКУ «ОВО МВД по Республике Хакасия».

1 декабря 2020 года АОСН выведен из состава территориального управления и передан в состав отдельной авиационной эскадрильи одного из округов войск национальной гвардии.

С 2021 года по настоящее время начальником Управления Росгвардии по Республике Хакасия является полковник полиции Вячеслав Юрьевич Васильев.